O crescimento do Centro e das suas atividades conduziram à identificação de três principais linhas de investigação: políticas ao nível do sistema, análise institucional e organizacional, e relevância económica e social do ensino superior. Estas linhas foram definidas principalmente com o fim de facilitar a coordenação e organização dos vários projetos de investigação e fortalecer a continuidade nos programas de investigação. Embora o CIPES esteja organizado em torno destas três linhas principais de investigação, existe uma intensa interação entre todos os investigadores e todos os projetos de investigação. Esta interação significa que cada linha de investigação se articula com e sustenta significativamente nas restantes linhas através da partilha dos processos e resultados da sua atividade de investigação. Tal tem contribuído para estimular um ambiente intelectual rico e inovador.